Dwadzieścia lat po zamordowaniu ks. Jerzego Popiełuszki nadal nie wiadomo, kto odpowiada za tę zbrodnię, i nawet oficjalna data śmierci księdza budzi wątpliwości.
Wiele wskazuje na to, że przed morderstwem kapłana przez pięć dni więziono i torturowano na terenie bazy wojsk sowieckich koło Kazunia. W latach 90. oraz 2003-2004 śledztwo prowadził prokurator Andrzej Witkowski. Dwukrotnie odsuwano go od sprawy, zazwyczaj wtedy, gdy udawało mu się zebrać nowy materiał dowodowy. Obecnie śledztwo jest nadal prowadzone przez prokuratorów IPN.Jednak to Witkowskiemu udało się ustalić wiele nowych faktów dotyczących przebiegu zdarzeń, w wyniku których doszło do śmierci księdza. W sposób fundamentalny podważają one całą dotychczasową wiedzę na temat zamordowania ks. Jerzego. Oficjalna wersja śmierci ks. Popiełuszki była wersją skonstruowaną przez aparat władzy w PRL, a ściślej jego zbrojne ramię, czyli Ministerstwo Spraw Wewnętrznych.
Na scenie politycznej PRL ks. Jerzy Popiełuszko pojawił się w latach 1981-1982 jako duszpasterz aktywnie wspierający strajkujących robotników Solidarności. Jego kazania podczas mszy za ojczyznę elektryzowały tłumy. W krótkim czasie kościół św. Stanisława na Żoliborzu stał się mekką patriotyzmu. Na celowniku Służby Bezpieczeństwa ks. Popiełuszko znalazł się we wrześniu 1982 r., gdy Wydział IV Stołecznego Urzędu Spraw Wewnętrznych (SUSW) w Warszawie zaczął prowadzić sprawę o krypt. "Popiel". Początkowe efekty działań SB okazały się mizerne, bo nie udawało się zdobyć żadnych ważnych informacji. Tymczasem kazania księdza Jerzego coraz mocniej ukazywały obłudę i zakłamanie komunistycznego systemu.
W lipcu 1983 r. jedno z kazań zrelacjonowano Wojciechowi Jaruzelskiemu. Zazwyczaj opanowany generał wpadł w furię. Natychmiast wezwał do siebie szefa MSW gen. Czesława Kiszczaka i oznajmił mu wprost: "Zrób coś z nim, niech przestanie szczekać" (te słowa są udokumentowane w aktach sprawy "Trawa", znajdujących się obecnie w zasobach IPN). Kiszczak potraktował wypowiedź przełożonego jako polecenie służbowe. Na naradzie w MSW z udziałem m.in. generałów Zenona Płatka i Władysława Ciastonia poinformowany o małej efektywności dotychczasowych działań w sprawie "Popiel" polecił opracowanie planu operacyjnego "dotarcia" do otoczenia księdza Jerzego.
Zebrani uznali także, że istnieje konieczność podjęcia wobec księdza wspomagających działań dezintegracyjnych, licząc na jego ewentualne nerwowe załamanie. Od tego momentu wszelkie operacje dotyczące osoby Popiełuszki znalazły się pod bezpośrednim nadzorem gen. Kiszczaka.
Wedle dokumentów archiwalnych z zasobów IPN, które odnalazł zespół kierowany przez prokuratora Witkowskiego, formalnie sprawę działań wobec księdza przejęła od SUSW w Warszawie grupa kpt. Grzegorza Piotrowskiego z Wydziału VI Departamentu IV MSW, odpowiadającego za dezinformację i dezintegrację w Kościele.
Poza nękaniem księdza przez podrzucenie mu nielegalnej literatury i amunicji do prywatnego mieszkania znacznie ważniejsze było ulokowanie informatora w bezpośrednim otoczeniu kapłana. W lutym 1984 r. funkcjonariuszom SB udało się zarejestrować jako "Desperata" osobistego kierowcę Popiełuszki - Waldemara Chrostowskiego. "Desperat" mógł dostarczać SB świeże informacje o działalności księdza oraz pomóc w realizacji strategicznego planu, jakim był werbunek kapłana.
Pomysł zwerbowania ks. Popiełuszki - jako informatora SB - pojawił się wiosną 1984 r. Gen. Kiszczak, w przeszłości szef wywiadu wojskowego, był przekonany, że zwerbowanie księdza zneutralizuje go, a być może uda się też jego osobę wykorzystać w rozgrywkach z opozycją. Latem 1984 r. w trakcie spotkań z przedstawicielami Episkopatu Polski gen. Kiszczak uznał, że inną koncepcją rozwiązania problemu księdza Jerzego, która mogłaby zostać zaakceptowana zarówno przez stronę rządową, jak i przez episkopat, było wysłanie go za granicę. Przy czym Kiszczak sądził, że optymalnym rozwiązaniem byłoby połączenie werbunku z równoczesnym wysłaniem księdza Jerzego na studia do Rzymu.
Wysłanie zwerbowanego uprzednio księdza do Watykanu przyniosłoby gen. Kiszczakowi ogromny sukces. Służby specjalne PRL umieściłyby agenta w najważniejszym wówczas miejscu dla wszystkich komunistycznych wywiadów - w samym centrum Kościoła katolickiego. I nie ważne byłyby jego rzeczywiste możliwości operacyjne w Rzymie i to, czy Popiełuszko miałby rzeczywisty dostęp do Jana Pawła II lub do jego najbliższego otoczenia. Ważne było przede wszystkim to, że taki sukces operacyjny na pewno wzmacniałby pozycje polskich służb w komunistycznym bloku. KGB pomimo podejmowania usilnych starań nie posiadało wartościowej agentury w Watykanie. Czesław Kiszczak mógłby więc pochwalić się swym sukcesem przed towarzyszami radzieckim, co niewątpliwie umacniałoby jego pozycję na Kremlu. Pamiętać trzeba, że szef MSW rywalizował z nadzorującym aparat bezpieki z ramienia Biura Politycznego KC PZPR gen. Jerzym Milewskim, którego pozycja na Kremlu nadal wydawała się mocna.
Te wszystkie aspekty były niesłychanie ważne dla Kiszczaka. Niezależnie od działań SB zmierzających do wypracowania "pozycji werbunkowej" szef MSW postanowił sam zainspirować możliwość wysłania księdza do Rzymu. W jednej z rozmów z arcybiskupem warszawskim Bronisławem Dąbrowskim Kiszczak wyszedł z "niezobowiązującym" pomysłem wysłania ks. Popiełuszki do Rzymu, przedstawiając to jako najlepsze rozwiązania problemu niepokornego kapłana. Zasugerował też, że taki ruch ze strony Kościoła na pewno polepszyłby atmosferę w relacjach rząd - episkopat. Abp Bronisław Dąbrowski przedstawił pomysł prymasowi Józefowi Glempowi, który nie zaakceptował go, ale i nie odrzucił. Jednak z biegiem czasu prymas sam zaczął rozważać takie posunięcie.
Efektem subtelnej inspiracji gen. Kiszczaka było to, że jesienią 1984 r. zarówno abp Dąbrowski, jak i prymas Glemp zaczęli skłaniać się ku decyzji o wysłaniu ks. Jerzego do Rzymu. Wyrażony przez Popiełuszkę opór w przeprowadzonych z nim przez hierarchów rozmowach na ten temat, a przede wszystkim złożona przez księdza deklaracja pozostania ze swoją "owczarnią", w relacjach kościelnych mogły być jedynie potwierdzeniem, że rzeczywiście należy go wysłać za granicę. Polski Kościół zakładał raczej bierny opór niż otwarte demonstrowanie politycznego sprzeciwu wobec rządzącego w PRL reżimu.
Z powyższego biegu zdarzeń wynika, że polskie MSW nie przyjęło planu zabicia księdza. Zamierzało jedynie zwerbować księdza i wysłać go do Rzymu. Oczywiście, kierownictwo MSW zdawało sobie sprawę z tego, że zwerbowanie Popiełuszki może być niezwykle trudne. Wiedział to gen. Kiszczak, stąd dopuszczał w planowanych działaniach werbunkowych sytuację, w której ksiądz zostanie doprowadzony do stanu "bliskości śmierci", ale mimo wszystko zachowa życie. Fakt ten został potwierdzony w zeznaniach funkcjonariuszy byłego Departamentu IV już na początku lat 90., gdy po raz pierwszy podjęto śledztwo.
Zbliżał się październik 1984 r. Realizująca pierwszoplanowe zadania operacyjne grupa kpt. Piotrowskiego była coraz bardziej zdeterminowana. Hart ducha i odwaga księdza Jerzego zadziwiły esbeków. Nie potrafili zrozumieć źródła jego nadprzyrodzonej siły. Zbliżały się urodziny ministra Kiszczaka (19 października ) i kpt. Grzegorz Piotrowski wiedział doskonale, że sfinalizowanie werbunku kapłana byłoby znakomitym prezentem dla szefa MSW. Przełożony kpt. Piotrowskiego, gen. Płatek, zapisał wówczas w swoim służbowym kalendarzu (odnalezionym później przez prokuratora Witkowskiego): "nadchodzi 19, a oni chcą".
Sprawa ks. Popiełuszki była priorytetowa. Przy tym Piotrowski i jego ludzie nie zdawali sobie sprawy, że szef MSW nakazał już kilka tygodni wcześniej inwigilowanie całego zespołu przez grupy operacyjne Wojskowej Służby Wewnętrznej (WSW). Gen. Kiszczak już od dawna bowiem nie ufał kpt. Piotrowskiemu, podejrzewając go o konsultowanie działań operacyjnych z KGB. Piotrowski spotykał się z przedstawicielami KGB w Bułgarii i we Lwowie. Dla gen. Kiszczaka szczególnie podejrzane były kontakty kapitana z gen. Michajłowem, rezydentem KGB w Warszawie, odpowiedzialnym za sowieckie działania w Polsce. Piotrowski co prawda wiedział od swojego kolegi Kościuka z Biura Techniki MSW, że jest śledzony, jednak nie bardzo chciał dać wiarę tym informacjom (notabene Kościuka niebawem aresztowano i skazano za ujawnienie tajemnicy państwowej).
Kiedy nadszedł 19 października 1984 r., grupa kpt. Piotrowskiego wiedziała, że ksiądz zamierza pojechać do Torunia, gdzie odprawi mszę w intencji ojczyzny w kościele Braci Męczenników Polskich. W ostatniej chwili Jacka Lipińskiego, kierowcę Popiełuszki, zamienił "Desperat" (Waldemar Chrostowski), który bardzo chciał jechać razem z księdzem. Od momentu wyjazdu z Warszawy kpt. Piotrowski był informowany o miejscu znajdowania się księdza i na bieżąco kontaktował się z Dyrektorem Departamentu IV gen. Zenonem Płatkiem, który z kolei o sytuacji informował ministra Kiszczaka.
Gdy wieczorem ks. Jerzy odprawiał mszę w toruńskim kościele, kpt. Piotrowski z kompanami siedzieli w stojącym w pobliżu kościoła służbowym fiacie 125p, czekając na podróż powrotną kapłana do Warszawy. Decyzja o rozpoczęciu akcji została wydana Piotrowskiemu przez gen. Płatka. Kilkadziesiąt metrów od kościoła, w którym ks. Jerzy odprawiał swoją ostatnią mszę, znajdowały się samochody z ubranymi po cywilnemu żołnierzami WSW, prowadzącymi inwigilację grupy kpt. Piotrowskiego. Fakt ten na początku lat 90. potwierdził jeden z szefów WSI prokuratorowi Witkowskiemu, udostępniając dzienniki prowadzonych przez WSW inwigilacji.
Gdy ks. Jerzy po zakończeniu mszy wsiadł do swojego volkswagena golfa, za którego kierownicą siedział "Desperat", miał realną szansę uciec czyhającym na niego esbekom. Tak się jednak nie stało. Na trasie z Torunia do Warszawy, w okolicy Górska, volkswagen księdza pomimo jego sprzeciwu zatrzymał się przed jadącym za nim fiatem 125p Piotrowskiego. Kapitan i jego koledzy gwałtem wepchnęli księdza Jerzego do bagażnika swojego samochodu. Tymczasem "Desperat" z założonymi kajdankami wsiadł do środka, lokując się obok kierowcy.
Po drodze w trakcie jazdy udało mu się, nie ponosząc żadnych obrażeń, rzekomo wyskoczyć z pędzącego fiata 125p. Jak później ustalił prok. Witkowski, kajdanki były spiłowane i umożliwiały wyzwolenie się z nich, zaś uszkodzona w trakcie skoku z samochodu poła marynarki została odcięta ostrym narzędziem. Sam skok z samochodu po przeprowadzeniu wizji lokalnej przez prokuratora Witkowskiego okazał się niewykonalny przy prędkości wskazanej na procesie toruńskim przez "Desperata". Kaskader biorący udział w rekonstrukcji zdarzeń złamał rękę i odniósł poważne potłuczenia.
Tymczasem auto esbeków z szamocącym się w bagażniku księdzem jechało dalej. Pierwszy postój zaplanowano w ruinach zamku toruńskiego, gdzie w trakcie śledztwa odnaleziono różaniec kapłana. Jednak ten ważny dowód ukryto w śledztwie. W trakcie postoju oprawcy rozpoczęli "zmiękczanie" księdza za pomocą pałki. Następny dłuższy postój zaplanowano w jednym ze starych bunkrów wojskowych w rejonie Kazunia. Tutaj ludzie Piotrowskiego kontynuowali działania, jeszcze bardziej brutalnie. Nad ranem półprzytomnego księdza przejęła inna grupa operacyjna. Kpt. Piotrowski ze swoimi kompanami wracał do Warszawy wściekły z powodu "operacyjnego" niepowodzenia i pełen obaw co do dalszych losów przedsięwzięcia. Tymczasem ksiądz znalazł się w rękach innego zespołu. Czy była to jakaś grupa z kontrwywiadu lub wywiadu wojskowego, czy była to inna grupa operacyjna MSW? Poszlaki uzyskane w śledztwie wskazują na "wojskowych", którzy na prośbę gen. Kiszczaka śledzili wszelkie działania grupy kpt. Piotrowskiego od momentu mszy w kościele toruńskim.
Jak wyglądały losy księdza w następnych dniach i kto dalej się nim "zajmował"? Na pewno kontynuowano brutalny proces werbunku, nie stroniąc od bicia i grożenia śmiercią. Poszlaki wskazują także, że w dniach 20-25 października ksiądz mógł przebywać na terenie jednej z sowieckich jednostek w rejonie Kazunia, gdzie znajdowała się m.in. ekspozytura KGB.
W tym czasie kilkadziesiąt tysięcy ludzi resortu przeczesywało okoliczne tereny, mając do dyspozycji wszelkie środki, jakimi dysponowało wówczas MSW.
Trwały akcje poszukiwawcze o krypt. "Przeszukanie" i "Sutanna". Komunikaty radiowe i telewizyjne informowały o zaginięciu księdza, tak jakby władza zupełnie nie wiedziała, co się stało. 20 października organy ścigania szukały sprawców porwania, gdy tymczasem poruszali się oni w gmachu MSW przy ul. Rakowieckiej. Był to pierwszy element kłamstwa ze strony MSW i gen. Kiszczaka. Jak wyglądała styczność księdza z radzieckimi towarzyszami z KGB, tego nie wiemy i prawdopodobnie już się nie dowiemy. Odnalezione ciało księdza jednoznacznie wskazywało, że był on fizycznie maltretowany znacznie dłużej, niż mógłby to robić Grzegorz Piotrowski ze swoimi kompanami.
Dotychczasowe ustalenia wskazują, że 25 października 1984 r. ks. jeszcze żył. W tym właśnie dniu u lekarza leczącego kapłana pojawiło się dwu osobników z MSW z zapytaniem, jakie leki brał ksiądz i jakie dawki, sugerując zarazem, że wszystko jest z nim w porządku. Przerażona pani doktor udzieliła niezbędnych informacji tajemniczym osobnikom.
Kiedy więc ksiądz zakończył życie? Wiele poszlak wskazuje, że miało to miejsce 25 października 1984 r. Wątpliwości mogą dotyczyć jedynie godziny zgonu. Prof. André Horve z jednego z uniwersytetów paryskich sugeruje również datę po 25 października 1984 r., opierając swój pogląd na podstawie oględzin zdjęć zwłok ks. Popiełuszki, jakie zdobył "Paris Match" . Prof. Horve wskazuje jednocześnie na wiele innych obrażeń księdza, których nie podano w oficjalnych komunikatach. Krótko mówiąc, jego opinia kwestionuje ustalenia prof. Marii Byrdy, która prowadziła oględziny medyczne zwłok księdza.
26 października ludzie gen. Kiszczaka lokalizują zwłoki w Wiśle po raz pierwszy. Fakt ten potwierdza zeznanie jednego z prokuratorów, któremu wydano polecenie wyjazdu i przeprowadzenia czynności na miejscu zdarzenia. Wówczas zwłoki księdza zostały wydobyte z wody i poddane oględzinom przez medyka, czego nie ujawniono na procesie toruńskim, następnie z powrotem wrzucone do Wisły. Szef Biura Śledczego MSW płk Zbigniew Pudysz konsultuje sprawę publicznego ujawnienia zwłok księdza i dalszych szczegółów związanych z kierunkiem śledztwa.
30 października gen. Kiszczak przylatuje helikopterem na tamę we Włocławku wraz ze swoim orszakiem i buńczucznie oznajmia zebranym ekipom poszukiwawczym: "Dziś musi się znaleźć". Do akcji ruszają płetwonurkowie, którzy mają ujawnić i wydobyć zwłoki. Lokalizacja i wydobycie ciała księdza 30 października 1984 r. są również scenariuszem w detalach skonstruowanym przez MSW. Wystarczy wspomnieć, że inna ekipa nurków ujawniła zwłoki księdza w wodzie, a inna je wydobyła. Jeszcze przez wiele lat biorący udział w akcji płetwonurkowie będą poddawani naciskom ludzi gen. Kiszczaka. Nawet po 1989 r. wielu z nich będzie się bało złożyć zeznania przed prokuratorem prowadzącym śledztwo, obawiając się o swoje życie. Wersję odnalezienia zwłok księdza uzupełnia fakt, że ani Piotrowski, ani jego koledzy nie byli w stanie na procesie toruńskim precyzyjnie określić miejsca ich porzucenia.
